Πριν από μια ενδοδοντική θεραπεία προηγείται η εξέταση και ακτινογραφία του δοντιού. Μετά την αναισθησία της περιοχής γίνεται η κοιλότητα διάνοιξης στη μύλη του δοντιού ικανή να επιτρέπει την αβίαστη δίοδο των μικροεργαλείων μέχρι το άκρο του ριζικού σωλήνα. Στη συνέχεια, υπό απομόνωση, με αλληλουχία χειροκίνητων και μηχανοκίνητων μικροεργαλείων και άφθονους διακλυσμούς με ειδικά διαλύματα, απομακρύνεται από το ριζικό σωλήνα το περιεχόμενό του. Ταυτόχρονα διαμορφώνεται ο ριζικός σωλήνας ώστε να δεχθεί την τελική του έμφραξη με ένα βιολογικά συμβατό υλικό. Τέλος ακολουθεί έμφραξη του συστήματος των ριζικών σωλήνων, ενώ η κοιλότητα εμφράσσεται αρχικά με προσωρινό και ακολούθως με μόνιμο υλικό.
Τα ενδοδοντικά θεραπευμένα δόντια μπορεί να παραμείνουν στο στόμα όσο και τα υπόλοιπα μας δόντια. Μετά από μία Ενδοδοντική Θεραπεία υπάρχει πιθανότητα το δόντι να ξαναπονέσει ή να πρηστεί μήνες ή χρόνια αφότου έγινε η θεραπεία . Υπάρχει η δυνατότητα να σωθεί το δόντι με Επανάληψη Ενδοδοντικής Θεραπείας. Αφαιρείται το παλιό υλικό της Ενδοδοντικής Θεραπείας καθαρίζονται οι ριζικοί σωλήνες εκ νέου, γίνεται έλεγχος για ύπαρξη επιπλέον ριζικών σωλήνων ή ρωγμών και ακολούθως εμφράσσεται εκ νέου. Καμιά φορά σε δόντι που θα μπει προσθετική εργασία αν υπάρχει ατελής ενδοδοντική θεραπεία έστω και ασυμπτωματική απαιτείται η αντικατάσταση της έτσι ώστε να μην προκληθούν προβλήματα μετά την τοποθέτηση της προσθετικής εργασίας.